柳井完全否定了“总部决定，分店服从”的传统连锁店理论。在物资不足时代，这种体系能用最低廉的价格与最快的速度将商品提供给消费者，创造了零售业神话。
　　
　　但在供大于求时代，这种模式越来越低效，原因是“整齐统一的商品，大量供给”难以应付供大于求时代“个人”的多样化需求，而且这种体系还会产生总部中央集权制的最大弊端——大企业病和官僚化，而零售业最为讲究的应变力和灵活性会遭到埋没。
　　
　　传统的经营方法是经营者发出指示，销售现场的人只要服从命令即可。而优衣库采取的并不是这种单方向的方式，而是让销售现场的员工自主思考，自主行动，而经营者要善于倾听他们的意见和要求。如此一来，判断就成了双向的。
　　
　　传统连锁店中销售第一线会有很多不满，比如第一线无法根据地区习惯、特征陈列商品，也无法根据顾客实际动向引进新商品；被不够人性化的工作指南束缚，无法灵活应对顾客需求，等等。
　　　　
　　而优衣库重视销售现场的态度，能充分发挥每家分店的力量，提高员工和顾客的满意度。所以企业必须将权力下放分店，尊重在分店工作的员工并予以重用，而不只是只将他们当打工族。
　　
　　为实施这项改革，把优衣库从“总部主导”切换到“店铺主导”，产生强烈危机感的柳井进行了极为激烈的高层大换血。大换血的结果是柳井替换了7位董事中的5位，“第一成长期”的幕后功臣几乎全部离开了优衣库。
　　
　　之后，柳井公布了具体措施：包括从柳井独裁体制转为新董事们组成的经营专家小组体制；包括重组供应链，确立更加灵活、可在销售期间追加生产、更为细致的可调整型生产体制；执行店铺单品管理，在一部分店铺实行店铺下单制度等。
　　
　　同时，柳井倡导全员经营理念，店长自不必说，就连普通员工都争当“知识工作者”。知识工作者是经营管理学泰斗德鲁克提出的概念，是指“根据信息与知识，自行思考，主动做工作指南里没有写的、上司没有交代的工作，并能良好完成的工作者。”
　　
　　员工中的知识工作者增加了，企业的经营方式也会发生改变。这样既能提高零售企业的效率，也能给员工提供发展机遇、工作意义和人生意义。

　　改革带来了超乎预料的成果。优衣库此前的销售额负增长戛然而止，现有店铺在约两年内竟创下了连续34个月同比增长的新记录。
　　
　　有理由的涨价
　　
　　“优衣库放弃低价”，这是优衣库2004年9月刊登在日本主要媒体的整版广告，这句广告语给人们带去莫大的冲击。因为当时人们对优衣库的印象是“正因为优衣库便宜，才能大卖”。优衣库社长柳井正无法忍受这种看法，力排众议发出“摆脱低价宣言”。